Административное деление муниципального района представлено 15 поселениями (2-мя городскими и 13-ю сельскими), 4 из которых находятся на расстоянии более 50 километров от районного центра, а одно в пределах ста километров.
В составе муниципального района «Нерчинский район» сельские поселения: «Нижнеключевское», «Олеканское», «Зюльзинское», «Зареченское», «Илимское», «Верхнеключевское», «Олинское», «Пешковское», «Бишигинское», «Знаменское», «Кумакинское», «Андронниковское», «Верхнеумыкэйское» и два городских поселения – «Нерчинское» и «Приисковское».

Поселок Приисковый– центр городского поселения «Приисковское», в его состав входят с. Калинино, п. Михайловка, с. Шивки.

Поселок расположен на месте впадения реки Нерчи в реку Шилку, в 7 км от г. Нерчинска по железной дороге. И в 16 км – по автомобильной дороге.

Прежнее название поселка – Боронка, он возник в середине 17 века. Когда-то здесь жил Нерчинский исправник барон Квебек, отсюда и название. В 1896 году железнодорожная станция была названа Приисковой (относящейся к приискам). В 1959 г. станция преобразована в рабочий поселок.

Численность населения – 2108 человек. Имеется вокзал, товарная контора, погрузо-разгрузочный участок, горка. Площадка «Вторчермет», библиотека, Дом культуры, средняя школа, детский сад,  9 частных магазинов, служба ЖКХ, СПК Нерчинский.

Село Бишигино – центр сельского поселения «Бишигинское», в состав входит с. Бишигино, с. Апрелково. Село Бишигино расположено на левом берегу реки Шилки, в 24 км от г. Нерчинска. Основано в 1660-1662 г.г. на месте стойбища эвенков бишигинского рода, по которому названо село.

Численность населения в настоящее время – 465 человек. В селе имеются: средняя школа, детский сад, медицинский пункт, Дом культуры, библиотека, отделение связи, железнодорожное отделение ПЧ-6, сельскохозяйственные предприятия  ПСК «Труд», СПСК «Партнер».

Село Правые Кумаки– центр сельского поселения «Кумакинское», в состав которого входят с. Правые Кумаки, с. Левые Кумаки, с. Сенная. Село Правые Кумаки находится в 15 км от г. Нерчинска на правом берегу р. Нерчи. Село основано в 1660 году на месте стойбища эвенков Шилинского рода. Название села происходит от эвенкийского слова «кумакан», что в переводе означает «матка изюбря».

В настоящее время численность населения с. Правые Кумаки составляет 196 человек, с. Левые Кумаки – 282 человека. В селе имеется средняя общеобразовательная школа, библиотека, клуб, фельдшерско-акушерский пункт, частные магазина, КДХ «Нерчинское».

Село Андронниково - административный центр сельского поселения «Андронниковское»,  образованого 1 января 2006 года в связи с вступлением в силу Федерального закона №-131 ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации».

Сельское поселение  Андронниковское»  распложено  на  юго-западе  Нерчинского  района,  входит  в  его  состав  и  объединяет  села: Андронниково  (административный центр),  Волочаевка,  Котельниково.  Все  села  расположены  в  долине  правого притока  реки  Шилки  -  Урульги. Территория сельского поселения – 36627,92 га.

Село Знаменка - центр сельского поселения "Знаменское", образованного 1 января 2006 года  в связи с вступлением в силу Федерального закона №-131 ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации».

В состав сельского поселения «Знаменское» входят села:  Знаменка, Беломестново, Кангил, Березово. Первым в 1660-1662 годах возникло село Беломестново на правом берегу р. Нерча, как острожек для сбора ясака, основателем его был Нерчинский сын боярский Беломестнов Г.И., а затем на левом берегу- село Знаменка. Оба села носили одно название - село Торга, так как купцы  здесь торговали у эвенков пушнину. В начале 1917 года наказной атаман Забайкальского казачьего войска утвердил ходатайство о переименовании сел: правобережное стало называться Беломестново, левобережное – Знаменка, в честь иконы Знамения Божьей матери, которая находилась в станичной церкви.

Село Кангил основано в 1837 году переселенными горнозаводскими крестьянами для ведения казенного хлебопашества. Название село получило от пади и протекающего по ней левого притока р. Нерчи- речки Кангил.

Село Березово возникло в начале 18 века, основателем  был крестьянин Березовский, в честь которого и названо село. Крестьяне этих сел в 1775 году  сел были приписаны к Нерчинским сереброплавильным заводам, а в 1851 году переведены в казачье сословие и зачислены в пешее казачье войско. В с.Торга создана казачья станица, в которую вошли села Беломестново, Кангил, Березово, Кумаки, Бронниково, Крупянка, Большой Луг. В станице находилось станичное правление  и правление (штаб) пешего казачьего батальона, в 1891 году казачье войско было переформировано в конное.

После установления Советской власти в селе Знаменка создается Знаменская волость, а в селах- сельсоветы (сельревкомы), организуется волостная ячейка ВКП(б), из партийно-советского актива и партизан формируется ЧРН, создается ячейка ВЛКСМ.

В 1924 году создана коммуна «Новая жизнь», в которую вошли жители сел Березово, Кангил, Беломестново, Бронниково, Знаменка, позднее создано ещё несколько коммун в селах, которые в 1933 году объединились в колхоз имени ОКДВА (особая краснознаменная дальневосточная армия). В 1939 году была создана машино-тракторная станция (МТС), которая обслуживала близлежащие колхозы. В 1958 году на базе колхоза возникло крупное хозяйство- колхоз «Россия». В селах Кангил, Березово, Беломестново, Бронниково, Знаменка созданы сельские Советы, которые в 1959 году были объединены в единый Знаменский сельский Совет.

Село Зюльзя– центр сельского поселения «Зюльзинское», в состав которого входят с. Зюльзя, с. Зюльзикан. Село Зюльзя расположено в 72 км от г. Нерчинска на левом берегу Нерчи. Ранее село называлось Зулза, с эвенкийского - «левый приток». Село образовалось в 1785-1790 г.г. До революции было волостное управление (две власти: казачья – поселковый атаман, инородческая – староста).

Численность населения составляет 1606 человек.

В настоящее время в селе имеется средняя общеобразовательная школа, участковая больница, аптека, библиотека, отделение связи, Центр досуга, частные магазины, лесничество, заготовительный пункт ООО «Макнер»,  ПСК «Зюльзя», ПСК Заря, СПКСК. На территории поселения располагаются мачтовые сооружения МТС и Мегафон.